Entièrement automatisée, la station fonctionne différemment selon le niveau de la Seine, et selon qu'il s'agit de temps sec ou de période de pluie.
Par temps sec ou pluie modérée
Les eaux usées sont refoulées après traitement (dégrillage, dessablage) vers la station d'épuration d'Achères, et ce grâce à des pompes d'une capacité de 163 litres par seconde. Un siphon permet de supporter facilement, par stockage temporaire, une petite augmentation du débit.
Dans le cas d'un orage ou d'une forte pluie
Les importantes quantités d'eau qui dépassent les capacités de pompage sont envoyées gravitairement en Seine après un premier prétraitement qui permet d'éviter le rejet de déchets dans le fleuve.